Наиболее изучены и отработаны протоколы для тревожных состояний — генерализованной тревоги, панических атак, социальной тревожности, специфических фобий, обсессивно-компульсивных проявлений. Кроме того, КПТ применяют при сниженном настроении и руминациях, нарушениях сна, хроническом стрессе, трудностях с самооценкой и перфекционизмом, проблемах эмоциональной регуляции. В программе каждому из этих направлений посвящён отдельный блок с разбором клинических случаев.